Organizirani istraživački rad u području oceanografije i ribarstva u Dubrovniku započet je nakon Drugog svjetskog rata osnivanjem Ribarstvene stanice 1946. godine i utemeljenjem Biološkog instituta Jugoslavenske akademije znanosti i umjetnosti (JAZU) 1949. godine. To su ujedno bili i temelji današnjeg znanstveno-istraživačkog rada Instituta za more i priobalje Sveučilišta u Dubrovniku. Ribarstvena stanica imala je zadatak unaprijeđenja ribarstva u dubokom južnom Jadranu, dok je Biološki institut osnovan radi izučavanja podzemnih organizama našeg krša koji je u tom pogledu jedno od najinteresantnijih područja u svijetu. Ribarstvena stanica bila je u najmu u vlasetlinskoj kući kap. Pitarevića, a Biološki institut JAZU je bio smješten u kući Sorkočević-Jordan. Kasnije je Ribarstvena stanica preuzeta od “Akademijskog savjeta” iz Beograda i priključena Oceanografskoj stanici splitskog Oceanografskog instituta. Dolaskom Prof. Toma Gamulina iz Rovinja 1951. godine u Ribarstvenu stanicu, započeta su istraživanja planktona. Oceanografska stanica ukinuta je 1956. godine. Tadašnji predsjednik JAZU akademik Andrija Štampar, u želji da unaprijedi rad u Biološkom institutu, sklopio je ugovor s Općinom u Dubrovniku u kojem Biološki institut napušta svoje sjedište na Lapadu i preuzima otok Lokrum u svrhu njegove zaštite i unaprijeđenja. Istim ugovorom Biološki institut preuzima i dvije općinske ustanove – Prirodoslovni muzej (utemeljen 1872.) i Morski akvarij u tvrđavi sv. Ivana. Dubrovačka Gradska skupština je 28. prosinca 1956. podržala spajanje prirodoslovnih ustanova Dubrovnika s Biološkim institutom JAZU. Nakon prve velike rekonstrukcije akvarija (1958.-1959.) i pokretanja projekta stvaranja Botaničkog vrta na Lokrumu (1959.) s ciljem uvođenja aklimatizacije tropskog i suptropskog bilja, te obnove prirodoslovne zbirke, posebno ptica i riba, zaokružena je cjelina koja postaje značajan centar znanstvenog rada u južnom Jadranu. Godine 1960. JAZU je objedinila svoje ustanove u Rovinju, Trstenom i Dubrovniku pod vodstvom Prof. Gamulina sa sjedištem u Rovinju. Taj je ustroj napušten 1963. godine kada se ustanove u Rovinju i Trstenom izdvajaju u zasebne cjeline. Biološki institut je nastavio s znanstvenim aktivnostima, posebno istraživanjem planktona. Akademija je financijski podupirala znanstvena istraživanja u Institutu, a kupljen je i istraživački brod “Baldo Kosić”. Uz to, preuređen je laboratorij za istraživanje mora u prostorijama akvarija. Institut je istovremeno započeo kadrovsko osnaživanje stipendiranjem i osposobljavanjem mladih asistenata. Tada je institut imao snažne veze i suradnju s mnogim srodnim ustanovama u Mediteranu, a poglavito sa Stazione Zoologica Anton Dohrn iz Napulja, Italija.
Znanstveno-istraživački rad u Institutu u početku se zasnivao samo na istraživanju planktona. Kasnije, dolaskom botaničara, uz rad u botaničkom vrtu, intenzivno je istraživana vaskularna flora i vegetacija dubrovačkog područja. Tako organizirani Biološki institut od 1977. godine ulazi u sastav Instituta za oceanografiju i ribarstvo iz Splita kao Biološki zavod. Od 1993. godine pa sve do kraja 2005., znanstvena jezgra u Dubrovniku je djelovala u dva laboratorija: Laboratorij za ekologiju planktona i Laboratorij za ekologiju i uzgoj morskih organizama. To su bila dva od ukupno deset laboratorija Instituta za oceanografiju i ribarstvo Split-Dubrovnik. U to su vrijeme dubrovački laboratoriji Instituta za oceanografiju i ribarstvo postigli izvrsne znanstvene rezultate. Iako je broj znanstvenika u dubrovačkim laboratorijima bio manji od trećine ukupnog broja znanstvenika u čitavom Institutu, njihov udio u znanstvenoj produkciji cijelog Instituta bio je 40%. Odlukom Znanstvenog vijeća Instituta za oceanografiju i ribarstvo od 2. studenog 2005., te Upravnog vijeća od 4. studenog, započeo je proces pripajanja dubrovačkih laboratorija Instituta za oceanografiju i ribarstvo Sveučilištu u Dubrovniku. Senat Sveučilišta u Dubrovniku je 15. studenoga 2005. godine utemeljilo Institut za more i priobalje kao svoju sastavnicu, a Institut je započeo s radom 1. siječnja 2006.godine.